目前尚无根治疗法。支持疗法和对症治疗十分重要。加强营养、纠正代谢紊乱、改善贫血和低白蛋白血症。必要时可输血、血浆、白蛋白、复方氨基酸，甚至要素饮食或静脉内全营养（TPN）。Teahon经10年观察113例克罗恩病服用要素饮食，其缓解率为85%，与肾上腺皮质激素相比，其缓解率以及1,3,5年的复发率无明显异常。解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也有助于症状缓解。应用阿托品等抗胆碱能药物，应警惕诱发中毒性巨结肠可能。补充多种维生素、叶酸以及铁、钙等矿物质。锌、铜和硒等元素是体内酶类和蛋白质的组合成分，具有保护细胞膜作用。
