能够阻止细胞核蛋白合成的大环内酯类抗生素如红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等，是治疗支原体肺炎的首选抗生素，尤其是克拉霉素、阿奇霉素的胃肠道副作用少，疗效好，用药方便。而且这些药物对衣原体感染也很有效，同时可用于治疗大多数常见的下呼吸道感染。
必须强调的是，常用于治疗呼吸道感染和肺炎的青霉素类和头孢菌素类抗生素，其抗菌原理为阻止细胞壁合成。而支原体无细胞壁。因此，这两类药用于支原体肺炎就是“不对路”了。
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