当小肠功能衰竭时不能够吸收足够的营养物质维持机体的日常需要。引起这种情况的原因罗列如下：
短肠综合征，因为血液供应不足，感染，创伤、肿瘤等疾病所导致的绝大部分的外科小肠切除手术。
吸收不良，虽然小肠形态完整，但是多种疾病导致小肠的吸收功能障碍。
机械性不良，因为小肠不能按照正常的方式运动从而导致食物不能正常的蠕动
小肠衰竭首先应当考虑给予特殊饮食及药物治疗，如果这些治疗失败，则应当给予静脉营养以替代。静脉营养虽然有效，但是其存在生活方式限制、高花费、肝功能损害、感染及必须维持长期的静脉通道等种种弊端，故小肠移植应作为一种积极的治疗手段。
